1 Reading and quantifying the data

I load:

2 Percentage of methylation of Transposable Elements and other repeats

Below, the Repetitive Elements on which I counted methylation:

All repFamilies and Classes in my filtered rmsk annotation
repFamily repClass N
5S-Deu-L2 SINE 616
Alu SINE 242485
B2 SINE 169452
B4 SINE 177586
CR1 LINE 7133
DNA DNA 1243
DNA? DNA? 924
Dong-R4 LINE 85
ERV1 LTR 50698
ERV1? LTR 93
ERVK LTR 225352
ERVK? LTR 2557
ERVL LTR 74480
ERVL-MaLR LTR 279145
ERVL? LTR 441
Gypsy LTR 1545
Gypsy? LTR 556
Helitron RC 179
Helitron? RC? 34
ID SINE 24652
Jockey LINE 108
Kolobok DNA 65
L1 LINE 582968
L1-Tx1 LINE 31
L2 LINE 32698
LTR LTR 956
LTR? LTR? 773
MIR SINE 50760
Other Other 14022
PIF-Harbinger DNA 82
Penelope LINE 588
PiggyBac DNA 85
PiggyBac? DNA? 55
RNA RNA 192
RTE-BovB LINE 1947
RTE-X LINE 842
Satellite Satellite 22342
TcMar DNA 155
TcMar-Mariner DNA 479
TcMar-Pogo DNA 14
TcMar-Tc1 DNA 48
TcMar-Tc2 DNA 863
TcMar-Tigger DNA 13670
TcMar? DNA 82
Unknown Unknown 4170
Y-chromosome Unknown 1896
centr Satellite 4
hAT DNA 1044
hAT-Ac DNA 2010
hAT-Blackjack DNA 2523
hAT-Charlie DNA 49002
hAT-Tag1 DNA 368
hAT-Tip100 DNA 6546
hAT-Tip100? DNA? 55
hAT-Tip100? DNA 156
hAT? DNA 612
rRNA rRNA 667
scRNA scRNA 3707
snRNA snRNA 821
srpRNA srpRNA 168
tRNA SINE 582
tRNA tRNA 2066
tRNA SINE? 25
tRNA-Deu SINE 181
tRNA-RTE SINE 407
All active RNA transposons in my filtered rmsk annotation
repName repFamily repClass N
Lx9 L1 LINE 31704
Lx8 L1 LINE 30971
Lx7 L1 LINE 27840
L1_Mur3 L1 LINE 19140
Lx8b L1 LINE 15679
L1_Mur2 L1 LINE 14673
Lx2 L1 LINE 13626
Lx6 L1 LINE 13329
L1Lx_I L1 LINE 12971
L1MdF_IV L1 LINE 12226
L1MdF_V L1 LINE 12057
Lx5c L1 LINE 11568
Lx5 L1 LINE 11486
Lx L1 LINE 10976
L1MdFanc_II L1 LINE 10803
L1M2 L1 LINE 10587
L1Lx_III L1 LINE 10227
L1MdF_III L1 LINE 9912
L1Lx_IV L1 LINE 9842
L1MdFanc_I L1 LINE 9290
L1MdV_I L1 LINE 9122
L1MdV_III L1 LINE 9099
Lx3_Mus L1 LINE 9006
Lx2B2 L1 LINE 8381
L1MdA_III L1 LINE 8356
L1_Rod L1 LINE 7915
L1MdA_VII L1 LINE 7598
L1MdMus_II L1 LINE 7516
Lx4A L1 LINE 7403
Lx3A L1 LINE 7084
L1MdF_I L1 LINE 7049
L1MdV_II L1 LINE 6930
L1MdA_VI L1 LINE 6800
L1MdMus_I L1 LINE 6754
L1M5 L1 LINE 6747
Lx10 L1 LINE 6612
Lx5b L1 LINE 6066
L1M4 L1 LINE 5870
L1_Mur1 L1 LINE 5446
Lx3C L1 LINE 4772
Lx2B L1 LINE 4675
L1MdTf_III L1 LINE 4562
L1Lx_II L1 LINE 4406
Lx3B L1 LINE 4371
L1MA4 L1 LINE 4311
L1M3 L1 LINE 4280
L1MdA_IV L1 LINE 4121
Lx4B L1 LINE 4074
L1MdA_II L1 LINE 3992
L1MA6 L1 LINE 3890
L1MdF_II L1 LINE 3533
L1MdA_I L1 LINE 3355
L1MD L1 LINE 2914
L1MC3 L1 LINE 2835
L1MC1 L1 LINE 2826
L1MdGf_II L1 LINE 2791
L1MA5 L1 LINE 2656
L1MC L1 LINE 2651
L1MB7 L1 LINE 2642
L1MA9 L1 LINE 2623
L1MdA_V L1 LINE 2596
L1MB8 L1 LINE 2383
L1MB3 L1 LINE 2313
L1MdTf_II L1 LINE 2243
L1MdGf_I L1 LINE 2162
L1ME1 L1 LINE 2145
L1MC4 L1 LINE 2112
Lx2A1 L1 LINE 2086
L1MA8 L1 LINE 2078
L1MEc L1 LINE 1974
L1MdTf_I L1 LINE 1811
L1MdN_I L1 LINE 1678
L1MA7 L1 LINE 1660
L1MCa L1 LINE 1634
L1MB5 L1 LINE 1552
L1MA4A L1 LINE 1542
L1MDa L1 LINE 1430
L1MB1 L1 LINE 1403
L1MD2 L1 LINE 1399
L1MB2 L1 LINE 1335
L1MD3 L1 LINE 1291
L1MB4 L1 LINE 1247
L1MC5a L1 LINE 1186
HAL1 L1 LINE 1185
L1MC4a L1 LINE 1154
L1MC5 L1 LINE 1128
L1MC2 L1 LINE 1107
L1ME2 L1 LINE 1101
L1MD1 L1 LINE 1044
Lx2A L1 LINE 1043
MusHAL1 L1 LINE 1002
L1MEf L1 LINE 996
L1M4b L1 LINE 950
L1MEg L1 LINE 931
L1ME4b L1 LINE 854
L1M4c L1 LINE 835
L1ME3A L1 LINE 768
L1MA5A L1 LINE 729
L1ME2z L1 LINE 686
L1M1 L1 LINE 618
L1MEd L1 LINE 607
L1ME3 L1 LINE 605
L1ME3G L1 LINE 587
L1ME3Cz L1 LINE 557
L1MA10 L1 LINE 488
L1ME4c L1 LINE 466
L1M4a2 L1 LINE 449
L1ME4a L1 LINE 444
L1MCb L1 LINE 428
L1M3e L1 LINE 375
HAL1M8 L1 LINE 359
L1M4a1 L1 LINE 347
L1VL1 L1 LINE 292
L1MDb L1 LINE 277
L1MEi L1 LINE 272
HAL1ME L1 LINE 272
X9_LINE L1 LINE 260
L1M3c L1 LINE 249
L1M L1 LINE 236
HAL1b L1 LINE 222
L1MCc L1 LINE 219
L1ME3B L1 LINE 214
L1M2c L1 LINE 196
L1M6 L1 LINE 157
L1MEh L1 LINE 126
L1M7 L1 LINE 117
L1MEb L1 LINE 110
L1ME3E L1 LINE 107
L1M3d L1 LINE 106
L1P5 L1 LINE 105
L1MEj L1 LINE 102
L1_Mus3 L1 LINE 100
L1M8 L1 LINE 100
L1M3b L1 LINE 97
L1PB4 L1 LINE 95
L1M3a L1 LINE 95
L1M2a L1 LINE 94
L1ME3F L1 LINE 90
L1ME3D L1 LINE 90
L1M3de L1 LINE 87
L1ME3C L1 LINE 82
L1ME5 L1 LINE 82
L1M3f L1 LINE 65
L1MEg2 L1 LINE 55
L1MEa L1 LINE 52
L1MEg1 L1 LINE 51
LX3 L1 LINE 24
L1M6B L1 LINE 18
L1M2b L1 LINE 5
L1M2a1 L1 LINE 3
RMER15 ERVL LTR 11822
MT2A ERVL LTR 7124
MT2B ERVL LTR 6846
MT2B1 ERVL LTR 4802
RMER10A ERVL LTR 2794
MERVL_2A-int ERVL LTR 2783
RMER15-int ERVL LTR 2100
RMER10B ERVL LTR 1903
MT2B2 ERVL LTR 1850
MERVL-int ERVL LTR 1696
MT2_Mm ERVL LTR 1639
MT2C_Mm ERVL LTR 1318
MLT2B4 ERVL LTR 1258
RLTR28 ERVL LTR 1243
MLT2B1 ERVL LTR 1209
MLT2B3 ERVL LTR 1179
MER21C ERVL LTR 1135
MLT2D ERVL LTR 1019
ERVL-B4-int ERVL LTR 982
MLT2B2 ERVL LTR 948
LTR33 ERVL LTR 908
LTR16C ERVL LTR 841
ERVL-E-int ERVL LTR 803
MER21B ERVL LTR 800
LTR16A ERVL LTR 677
ERV3-16A3_I-int ERVL LTR 662
ERVL-int ERVL LTR 554
LTR16 ERVL LTR 546
MLT2C1 ERVL LTR 546
LTR40a ERVL LTR 484
MER74A ERVL LTR 414
MLT2C2 ERVL LTR 400
MLT2F ERVL LTR 399
LTR16A1 ERVL LTR 387
LTR50 ERVL LTR 368
LTR67B ERVL LTR 365
LTR16E1 ERVL LTR 362
RLTR35B_MM ERVL LTR 357
LTR40b ERVL LTR 339
MER77 ERVL LTR 333
MLT2B5 ERVL LTR 316
LTR33A ERVL LTR 297
LTR33A_ ERVL LTR 281
RLTR28B ERVL LTR 279
LTR16A2 ERVL LTR 271
LTR16E2 ERVL LTR 271
MER77B ERVL LTR 269
LTR41 ERVL LTR 258
LTR16B2 ERVL LTR 243
MER68 ERVL LTR 232
LTR16B1 ERVL LTR 205
HERV16-int ERVL LTR 204
LTR79 ERVL LTR 202
MER74B ERVL LTR 193
LTR33B ERVL LTR 188
ERV3-16A3_LTR ERVL LTR 188
LTR82A ERVL LTR 183
LTR16B ERVL LTR 178
MER70B ERVL LTR 174
LTR33C ERVL LTR 171
LTR82B ERVL LTR 169
LTR52 ERVL LTR 166
MER76 ERVL LTR 163
MER54A ERVL LTR 160
LTR41B ERVL LTR 142
LTR53 ERVL LTR 140
LTR41C ERVL LTR 137
MER70A ERVL LTR 127
HERVL40-int ERVL LTR 127
LTR40c ERVL LTR 119
LTR16D ERVL LTR 115
LTR102_Mam ERVL LTR 114
LTR84b ERVL LTR 113
MLT2E ERVL LTR 97
LTR101_Mam ERVL LTR 92
LTR83 ERVL LTR 86
MER73 ERVL LTR 85
MER74C ERVL LTR 81
HERVL74-int ERVL LTR 77
LTR105_Mam ERVL LTR 76
LTR80A ERVL LTR 74
MER68B ERVL LTR 74
LTR84a ERVL LTR 68
MER54B ERVL LTR 68
LTR80B ERVL LTR 66
MER70C ERVL LTR 64
LTR40A1 ERVL LTR 64
LTR53-int ERVL LTR 63
MER21-int ERVL LTR 60
LTR16D1 ERVL LTR 56
LTR53B ERVL LTR 54
LTR75 ERVL LTR 54
LTR16D2 ERVL LTR 48
LTR86A2 ERVL LTR 44
LTR86C ERVL LTR 44
LTR69 ERVL LTR 42
MER70-int ERVL LTR 37
LTR86A1 ERVL LTR 36
MER88 ERVL LTR 35
MER68C ERVL LTR 34
LTR75B ERVL LTR 30
MER68-int ERVL LTR 27
LTR108e_Mam ERVL LTR 24
LTR52-int ERVL LTR 23
LTR86B1 ERVL LTR 21
LTR86B2 ERVL LTR 20
LTR108d_Mam ERVL LTR 18
LTR108a_Mam ERVL LTR 17
MER76-int ERVL LTR 11
LTR108b_Mam ERVL LTR 11
LTR108c_Mam ERVL LTR 9
RLTR17B_Mm ERVK LTR 15356
RLTR20A4 ERVK LTR 7906
IAPEz-int ERVK LTR 5309
RMER17C ERVK LTR 4498
RLTR31D_MM ERVK LTR 4361
RLTR20C1_MM ERVK LTR 3967
RMER19B ERVK LTR 3938
RMER6C ERVK LTR 3757
RMER4B ERVK LTR 3276
RMER12C ERVK LTR 3170
RLTR20C2_MM ERVK LTR 2936
RLTR21 ERVK LTR 2928
MMERVK10C-int ERVK LTR 2690
MYSERV6-int ERVK LTR 2322
RMER6A ERVK LTR 2293
RMER16-int ERVK LTR 2218
RMER17A2 ERVK LTR 2197
IAPEY3-int ERVK LTR 2183
RLTR10 ERVK LTR 2171
RLTR25B ERVK LTR 2108
RMER19C ERVK LTR 2107
RMER4A ERVK LTR 2069
RMER12 ERVK LTR 2054
RLTR10-int ERVK LTR 2016
RMER3D-int ERVK LTR 1999
RMER17B ERVK LTR 1979
MLTR11B ERVK LTR 1955
RMER17C2 ERVK LTR 1893
MYSERV16_I-int ERVK LTR 1876
RMER6D ERVK LTR 1786
RLTR19-int ERVK LTR 1785
RLTR22_Mur ERVK LTR 1771
RMER19B2 ERVK LTR 1728
RLTR40 ERVK LTR 1722
RLTR11A ERVK LTR 1709
RLTR42-int ERVK LTR 1659
ETnERV2-int ERVK LTR 1653
IAPLTR3-int ERVK LTR 1630
BGLII ERVK LTR 1619
RLTR11A2 ERVK LTR 1585
RMER13B ERVK LTR 1541
MLTR25A ERVK LTR 1538
MMERVK9C_I-int ERVK LTR 1537
RLTR15 ERVK LTR 1517
RMER19A ERVK LTR 1513
RMER17C-int ERVK LTR 1480
RMER17A ERVK LTR 1441
RMER20B ERVK LTR 1411
IAPLTR1a_Mm ERVK LTR 1399
IAPLTR2a2_Mm ERVK LTR 1389
RMER17D2 ERVK LTR 1384
ERVB4_1B-I_MM ERVK LTR 1340
RLTR27 ERVK LTR 1323
RLTR10C ERVK LTR 1308
RLTR25A ERVK LTR 1286
RLTR45 ERVK LTR 1276
IAPEY_LTR ERVK LTR 1269
MLTR11A ERVK LTR 1263
IAP-d-int ERVK LTR 1188
MMERVK9E_I-int ERVK LTR 1181
IAPLTR2_Mm ERVK LTR 1178
RLTR17 ERVK LTR 1166
IAPLTR1_Mm ERVK LTR 1156
RMER20A ERVK LTR 1140
MYSERV-int ERVK LTR 1118
RMER20C_Mm ERVK LTR 1100
IAPLTR2b ERVK LTR 1043
RLTR9E ERVK LTR 1034
RLTR22_Mus ERVK LTR 991
RMER13A2 ERVK LTR 987
RLTR45-int ERVK LTR 985
RLTRETN_Mm ERVK LTR 974
RLTR33 ERVK LTR 943
RLTR17D_Mm ERVK LTR 909
MurERV4-int ERVK LTR 891
IAPLTR3 ERVK LTR 886
RMER6B ERVK LTR 884
IAPEY2_LTR ERVK LTR 862
RLTR16 ERVK LTR 857
RLTR13B1 ERVK LTR 839
RMER17D ERVK LTR 781
MMETn-int ERVK LTR 778
RLTR26_Mus ERVK LTR 775
MERVK26-int ERVK LTR 762
MurERV4_19-int ERVK LTR 761
ERVB4_1C-LTR_Mm ERVK LTR 740
RMER12B ERVK LTR 733
ETnERV-int ERVK LTR 731
RMER13A1 ERVK LTR 729
RLTR31B2 ERVK LTR 720
IAPLTR2a ERVK LTR 712
IAPEy-int ERVK LTR 707
RLTR19 ERVK LTR 705
RLTR10B2 ERVK LTR 678
RLTR13G ERVK LTR 672
RLTR49 ERVK LTR 661
RMER13A ERVK LTR 660
RLTR11B ERVK LTR 655
RLTR20B3 ERVK LTR 653
RLTR13C2 ERVK LTR 653
RLTR20B3A_MM ERVK LTR 642
RMER6BA ERVK LTR 627
RLTR13D6 ERVK LTR 625
RMER16A3 ERVK LTR 617
RLTR10A ERVK LTR 614
RLTR20B5_MM ERVK LTR 611
RLTR20A3_MM ERVK LTR 608
RLTR20B2 ERVK LTR 607
RLTR9D ERVK LTR 604
RLTR18B ERVK LTR 603
RLTR9A3 ERVK LTR 603
BGLII_B ERVK LTR 599
ERVB7_2B-LTR_MM ERVK LTR 599
RMER17B2 ERVK LTR 595
ERVB7_1-LTR_MM ERVK LTR 594
RLTR13D5 ERVK LTR 582
IAPLTR4 ERVK LTR 579
RLTR12A ERVK LTR 573
RLTR12B ERVK LTR 546
RLTR12BD_Mm ERVK LTR 524
RLTR20D ERVK LTR 521
RLTR11C_MM ERVK LTR 518
RMER6-int ERVK LTR 517
RLTR44-int ERVK LTR 509
ETnERV3-int ERVK LTR 502
RLTR9A ERVK LTR 488
RLTR31C_MM ERVK LTR 480
ERVB5_2-LTR_MM ERVK LTR 476
RLTR13E ERVK LTR 473
RLTR13C3 ERVK LTR 470
BGLII_Mus ERVK LTR 454
MMERVK10D3_I-int ERVK LTR 440
IAPEY3_LTR ERVK LTR 434
ERVB4_1B-LTR_MM ERVK LTR 427
RLTR16B_MM ERVK LTR 425
RLTR20B1 ERVK LTR 422
RLTR12E ERVK LTR 416
MLTR18D_MM ERVK LTR 411
RLTR9C ERVK LTR 411
MRLTR33 ERVK LTR 411
IAPEY4_I-int ERVK LTR 410
IAPEY3C_LTR ERVK LTR 409
RLTR18 ERVK LTR 398
RLTR12D ERVK LTR 396
MLTR25C ERVK LTR 394
IAP1-MM_I-int ERVK LTR 389
RLTR10F ERVK LTR 388
RLTR11D ERVK LTR 384
RLTR10D ERVK LTR 383
LTR10_RN ERVK LTR 379
BGLII_Mur ERVK LTR 375
RLTR13D3A1 ERVK LTR 374
RLTR10B ERVK LTR 360
RLTR26B_MM ERVK LTR 350
RLTR13B4 ERVK LTR 349
MLTR31FA_MM ERVK LTR 349
IAP1-MM_LTR ERVK LTR 346
RLTR18-int ERVK LTR 342
RLTR34B_MM ERVK LTR 339
RMER16_Mm ERVK LTR 327
RMER16 ERVK LTR 326
RLTR26C_MM ERVK LTR 325
RLTR9F ERVK LTR 318
MLTR18C_MM ERVK LTR 315
ERVB7_2-LTR_MM ERVK LTR 314
RLTR53_Mm ERVK LTR 310
RLTR26 ERVK LTR 309
ERVB4_2-I_MM ERVK LTR 295
MLTR18B_MM ERVK LTR 293
RMER17A-int ERVK LTR 291
RLTR34D_MM ERVK LTR 289
RLTR50B ERVK LTR 286
RLTR9A3B ERVK LTR 281
RLTR20A2B_MM ERVK LTR 279
MLTR18_MM ERVK LTR 278
RLTR20B4_MM ERVK LTR 275
MLTR31F_MM ERVK LTR 271
ERVB7_3-LTR_MM ERVK LTR 267
RLTR13D3 ERVK LTR 255
ERVB4_1-I_MM ERVK LTR 250
RLTR13C1 ERVK LTR 244
RLTR16C_MM ERVK LTR 239
RLTR34C_MM ERVK LTR 239
IAPEY5_I-int ERVK LTR 236
RLTR20A2 ERVK LTR 234
ERVB5_1-I_MM ERVK LTR 232
RMER16B2 ERVK LTR 231
RLTR13B2 ERVK LTR 230
RLTR31B_Mm ERVK LTR 230
RLTR20A ERVK LTR 229
MLTR31A_MM ERVK LTR 225
RLTR44A ERVK LTR 224
RLTR31_Mur ERVK LTR 220
RLTR44B ERVK LTR 218
BGLII_A ERVK LTR 205
RLTR12C ERVK LTR 204
IAPEY5_LTR ERVK LTR 204
BGLII_B2 ERVK LTR 200
ERVB2_1A-I_MM ERVK LTR 200
RLTR43C ERVK LTR 194
MLTR31D_MM ERVK LTR 192
RLTR13D1 ERVK LTR 192
RLTR13D2 ERVK LTR 190
MLTR18A_MM ERVK LTR 185
RLTR13B3 ERVK LTR 184
RLTR19C ERVK LTR 183
RLTR13A3 ERVK LTR 179
RLTR26D_MM ERVK LTR 178
RLTR42 ERVK LTR 178
RLTR47 ERVK LTR 177
RLTR10E ERVK LTR 175
RLTR10D2 ERVK LTR 171
RLTR17C_Mm ERVK LTR 169
RLTR9A3A ERVK LTR 168
RLTR31M ERVK LTR 168
RLTR8 ERVK LTR 167
RLTR13A ERVK LTR 165
RMER16A2 ERVK LTR 162
RLTR19B ERVK LTR 161
RLTR9A2 ERVK LTR 158
RLTR12G ERVK LTR 158
IAPLTR4_I ERVK LTR 157
RLTR20C ERVK LTR 153
RLTR13A1 ERVK LTR 152
RLTR13D4 ERVK LTR 152
MLTR31C_MM ERVK LTR 146
RLTR44C ERVK LTR 144
MLTR13 ERVK LTR 143
ERVB4_2-LTR_MM ERVK LTR 141
MMERVK10D3_LTR ERVK LTR 139
RMER16C ERVK LTR 138
RLTR9D2 ERVK LTR 137
RLTR9B ERVK LTR 136
RLTR31A_Mm ERVK LTR 133
RLTR9B2 ERVK LTR 129
RLTR13D3A ERVK LTR 128
ERVB7_4-LTR_MM ERVK LTR 124
ERVB3_1-I_MM ERVK LTR 118
RLTR12H ERVK LTR 116
ERVB4_3-LTR_MM ERVK LTR 116
MLTR31E_MM ERVK LTR 109
ERVB5_1-LTR_MM ERVK LTR 108
ERVB3_1-LTR_MM ERVK LTR 108
RLTR13A2 ERVK LTR 107
RLTR53B_Mm ERVK LTR 99
MLTR32C_MM ERVK LTR 98
RLTR19A ERVK LTR 96
ERVB4_3-I_MM ERVK LTR 93
RLTR31_Mm ERVK LTR 86
SRV_MM-int ERVK LTR 86
RMER16B3 ERVK LTR 76
RLTR44E ERVK LTR 76
RLTR19A2 ERVK LTR 71
ERVB2_1-I_MM ERVK LTR 70
RLTR44D ERVK LTR 66
RLTR13F ERVK LTR 65
RLTR20A1 ERVK LTR 61
RLTR12B2 ERVK LTR 60
RLTR46A ERVK LTR 59
RMER16B ERVK LTR 57
RLTR50A ERVK LTR 57
IAPEY4_LTR ERVK LTR 57
BGLII_C ERVK LTR 56
RLTR46B ERVK LTR 56
RLTR12F ERVK LTR 43
RLTR1F_Mm ERVK LTR 42
RLTR46A2 ERVK LTR 42
RLTR46 ERVK LTR 39
RLTR19D ERVK LTR 38
RNERVK23-int ERVK LTR 38
RLTR13D ERVK LTR 35
RLTR9A4 ERVK LTR 29
MMTV-int ERVK LTR 24
RLTR3_Mm ERVK LTR 22
IAPA_MM-int ERVK LTR 11
ERVB4_1-LTR_MM ERVK LTR 8
RMER3D3 ERVK LTR 3
RLTR43A ERVK LTR 2
RMER3D4 ERVK LTR 1
RLTR43B ERVK LTR 1
RMER5 ERV1 LTR 4773
MLTR14 ERV1 LTR 4409
MuRRS4-int ERV1 LTR 2225
RMER2 ERV1 LTR 1759
RLTR14 ERV1 LTR 1702
MURVY-LTR ERV1 LTR 1624
RodERV21-int ERV1 LTR 1364
RLTR14-int ERV1 LTR 1235
RLTR23 ERV1 LTR 1134
MERV1_I-int ERV1 LTR 1125
LTRIS2 ERV1 LTR 1064
RLTR6-int ERV1 LTR 976
MuRRS-int ERV1 LTR 891
RLTR24 ERV1 LTR 854
RMER21B ERV1 LTR 844
MMERGLN-int ERV1 LTR 843
RLTR24B_MM ERV1 LTR 836
RLTR41 ERV1 LTR 834
RLTR14_RN ERV1 LTR 812
LTRIS_Mus ERV1 LTR 727
MMVL30-int ERV1 LTR 719
LTR72_RN ERV1 LTR 689
RLTR1B ERV1 LTR 650
RLTR1B-int ERV1 LTR 636
MLTR73 ERV1 LTR 609
RLTR5_Mm ERV1 LTR 571
RLTR6B_Mm ERV1 LTR 554
RLTR30D2_MM ERV1 LTR 544
RLTR1C ERV1 LTR 531
MURVY-int ERV1 LTR 485
MERV1_LTR ERV1 LTR 482
MER34 ERV1 LTR 448
MER31A ERV1 LTR 441
RLTR48A ERV1 LTR 429
LTRIS_Mm ERV1 LTR 424
MER89 ERV1 LTR 423
MER67C ERV1 LTR 416
MER90a ERV1 LTR 404
RMER21A ERV1 LTR 394
MER34A ERV1 LTR 392
MuLV-int ERV1 LTR 369
RLTR4_MM-int ERV1 LTR 345
MER67D ERV1 LTR 344
LTR78 ERV1 LTR 337
RLTR41A2 ERV1 LTR 332
MMERGLN_LTR ERV1 LTR 325
MER31B ERV1 LTR 324
LTR37A ERV1 LTR 319
MLTR12 ERV1 LTR 311
RLTR1A2_MM ERV1 LTR 304
LTR78B ERV1 LTR 258
MER57C2 ERV1 LTR 253
LTR37B ERV1 LTR 245
RLTR30E_MM ERV1 LTR 240
RLTR30 ERV1 LTR 236
MER34C_ ERV1 LTR 228
RLTR1D ERV1 LTR 211
MER34A1 ERV1 LTR 209
MER92-int ERV1 LTR 207
RLTR30B_MM ERV1 LTR 197
RLTR30D_MM ERV1 LTR 196
RLTR6_Mm ERV1 LTR 187
MER34B ERV1 LTR 182
MER57D ERV1 LTR 181
LTRIS4A ERV1 LTR 173
LTR37-int ERV1 LTR 173
MER92B ERV1 LTR 159
MER90 ERV1 LTR 151
RLTR4_Mm ERV1 LTR 149
MER52-int ERV1 LTR 142
MER57E1 ERV1 LTR 138
RLTR1D2_MM ERV1 LTR 134
MER110A ERV1 LTR 132
MER67B ERV1 LTR 129
MER57-int ERV1 LTR 118
LTRIS4 ERV1 LTR 118
MER110 ERV1 LTR 113
RLTR41C ERV1 LTR 112
LTRIS3 ERV1 LTR 110
LTRIS6 ERV1 LTR 109
MER67A ERV1 LTR 108
RLTR30C_MM ERV1 LTR 105
RLTR48C ERV1 LTR 100
MER31-int ERV1 LTR 99
LTR65 ERV1 LTR 97
RLTR48B ERV1 LTR 88
LTR73 ERV1 LTR 80
RLTR41B ERV1 LTR 76
MER89-int ERV1 LTR 75
RLTR6C_Mm ERV1 LTR 72
LTR68 ERV1 LTR 67
MER34C ERV1 LTR 64
MER65D ERV1 LTR 61
LTRIS5 ERV1 LTR 59
RLTR1 ERV1 LTR 54
MER92D ERV1 LTR 54
RLTR1E_MM ERV1 LTR 54
EUTREP7 ERV1 LTR 53
LTRIS4B ERV1 LTR 52
MER92C ERV1 LTR 49
MER34B-int ERV1 LTR 49
RLTR30D_RN ERV1 LTR 48
MER34-int ERV1 LTR 44
MER95 ERV1 LTR 37
MER4B-int ERV1 LTR 35
RLTR47_MM ERV1 LTR 35
MER57E2 ERV1 LTR 32
LTR77 ERV1 LTR 31
MER110-int ERV1 LTR 27
MER65-int ERV1 LTR 23
LTR45 ERV1 LTR 21
LTR109A2 ERV1 LTR 20
MER92A ERV1 LTR 16
LTR45C ERV1 LTR 16
MER101B ERV1 LTR 11
MER83B-int ERV1 LTR 7
LTR75_1 ERV1 LTR 3
LTR58 ERV1 LTR 3
MER83A-int ERV1 LTR 1
B3 B2 SINE 66369
B3A B2 SINE 44162
B2_Mm2 B2 SINE 40658
B2_Mm1t B2 SINE 10264
B2_Mm1a B2 SINE 7999
B1_Mus1 Alu SINE 45564
B1_Mus2 Alu SINE 31146
PB1D10 Alu SINE 25635
B1_Mm Alu SINE 22069
B1F Alu SINE 17788
B1_Mur4 Alu SINE 17597
B1_Mur1 Alu SINE 15105
B1_Mur2 Alu SINE 12689
PB1D9 Alu SINE 10065
B1_Mur3 Alu SINE 10059
PB1D7 Alu SINE 9097
PB1D11 Alu SINE 8572
B1F1 Alu SINE 7689
B1F2 Alu SINE 6456
PB1 Alu SINE 2712
FAM Alu SINE 242

For each genotype and time point, the average of the two different biological replicates is shown.

3 Closer look at RNA transposons

sessionInfo()
## R version 4.1.3 (2022-03-10)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Ubuntu 20.04.5 LTS
## 
## Matrix products: default
## BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.9.0
## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.9.0
## 
## locale:
##  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
##  [3] LC_TIME=it_IT.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
##  [5] LC_MONETARY=it_IT.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
##  [7] LC_PAPER=it_IT.UTF-8       LC_NAME=C                 
##  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
## [11] LC_MEASUREMENT=it_IT.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
## 
## attached base packages:
## [1] grid      stats4    stats     graphics  grDevices utils     datasets 
## [8] methods   base     
## 
## other attached packages:
##  [1] knitr_1.40           pheatmap_1.0.12      genomation_1.26.0   
##  [4] ggpubr_0.5.0         purrr_0.3.5          rtracklayer_1.54.0  
##  [7] methylKit_1.20.0     GenomicRanges_1.46.1 GenomeInfoDb_1.30.1 
## [10] IRanges_2.28.0       S4Vectors_0.32.4     BiocGenerics_0.40.0 
## [13] data.table_1.14.6    reshape2_1.4.4       ggplot2_3.4.0       
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##   [1] colorspace_2.0-3            ggsignif_0.6.4             
##   [3] rjson_0.2.21                ellipsis_0.3.2             
##   [5] mclust_6.0.0                qvalue_2.26.0              
##   [7] XVector_0.34.0              rstudioapi_0.14            
##   [9] farver_2.1.1                fansi_1.0.3                
##  [11] mvtnorm_1.1-3               codetools_0.2-18           
##  [13] splines_4.1.3               R.methodsS3_1.8.2          
##  [15] cachem_1.0.6                impute_1.68.0              
##  [17] jsonlite_1.8.3              seqPattern_1.26.0          
##  [19] Rsamtools_2.10.0            broom_1.0.1                
##  [21] gridBase_0.4-7              R.oo_1.25.0                
##  [23] readr_2.1.3                 compiler_4.1.3             
##  [25] backports_1.4.1             assertthat_0.2.1           
##  [27] Matrix_1.5-3                fastmap_1.1.0              
##  [29] limma_3.50.3                cli_3.4.1                  
##  [31] htmltools_0.5.3             tools_4.1.3                
##  [33] coda_0.19-4                 gtable_0.3.1               
##  [35] glue_1.6.2                  GenomeInfoDbData_1.2.7     
##  [37] dplyr_1.0.10                Rcpp_1.0.9                 
##  [39] carData_3.0-5               bbmle_1.0.25               
##  [41] Biobase_2.54.0              jquerylib_0.1.4            
##  [43] vctrs_0.5.1                 Biostrings_2.62.0          
##  [45] xfun_0.35                   stringr_1.4.1              
##  [47] fastseg_1.40.0              lifecycle_1.0.3            
##  [49] restfulr_0.0.15             gtools_3.9.3               
##  [51] rstatix_0.7.1               XML_3.99-0.12              
##  [53] zlibbioc_1.40.0             MASS_7.3-55                
##  [55] scales_1.2.1                BSgenome_1.62.0            
##  [57] hms_1.1.2                   MatrixGenerics_1.6.0       
##  [59] parallel_4.1.3              SummarizedExperiment_1.24.0
##  [61] RColorBrewer_1.1-3          yaml_2.3.6                 
##  [63] gridExtra_2.3               emdbook_1.3.12             
##  [65] sass_0.4.2                  bdsmatrix_1.3-6            
##  [67] stringi_1.7.8               highr_0.9                  
##  [69] BiocIO_1.4.0                plotrix_3.8-2              
##  [71] BiocParallel_1.28.3         rlang_1.0.6                
##  [73] pkgconfig_2.0.3             matrixStats_0.62.0         
##  [75] bitops_1.0-7                evaluate_0.18              
##  [77] lattice_0.20-45             labeling_0.4.2             
##  [79] GenomicAlignments_1.30.0    cowplot_1.1.1              
##  [81] tidyselect_1.2.0            plyr_1.8.8                 
##  [83] magrittr_2.0.3              R6_2.5.1                   
##  [85] generics_0.1.3              DelayedArray_0.20.0        
##  [87] DBI_1.1.3                   pillar_1.8.1               
##  [89] withr_2.5.0                 prettydoc_0.4.1            
##  [91] abind_1.4-5                 RCurl_1.98-1.9             
##  [93] tibble_3.1.8                crayon_1.5.2               
##  [95] car_3.1-1                   KernSmooth_2.23-20         
##  [97] utf8_1.2.2                  tzdb_0.3.0                 
##  [99] rmarkdown_2.18              digest_0.6.30              
## [101] tidyr_1.2.1                 numDeriv_2016.8-1.1        
## [103] R.utils_2.12.2              munsell_0.5.0              
## [105] bslib_0.4.1